Институт сотрудничает с такими крупными компаниями как Deutsche Bahn, SNCF, SNCB, ОАО «РЖД», ОТЛК ЕРА, ПАО «ТрансКонтейнер», ФЕСКО, АО «ФПК», АО «ФГК», РЖД Логистика, АО «ВНИИЖТ», АО «ПГК», ГУП «Московский метрополитен», Министерство транспорта РФ, ОАО «Международный аэропорт Шереметьево», Максима-Логистик, Симпл Логистик, Экодор, ЗАО «ПРОМТРАНСНИИПРОЕКТ», ООО «Первая экспедиционная компания», ООО «Смарт Лоджистикс», ООО «МЕТРО Кэш энд Керри», АО «ПАНАЛЬПИНА УОРЛД ТРАНСПОРТ», ОАО «НИИАС», ООО «КДМ», МЦСТ «Эльбрус», ООО «Информ защита-сервис», Positive Technologies, St. Pölten University of Applied Sciences, Пекинский транспортный университет, Даляньский университет информатики.